Vstupem České republiky do Evropských společenství došlo také ke změnám fytokaranténních požadavků na obchodování s rostlinami a rostlinnými produkty. Pro žádné rostlinné zboží původem ze členských států ES není nutno při jeho přesunech mezi členskými státy vystavovat na toto zboží tzv. rostlinolékařské osvědčení (fytocertifikát). Tato povinnost nadále zůstává pouze pro dovážené zboží původem ze třetích zemí (mimo ES).

Evropská Komise stanovuje pro přesuny rostlin a rostlinných produktů na vnitřním trhu ES rostlinolékařské požadavky s ohledem na míru rizika šíření škůdců a původců chorob rostlin, které tyto přesuny představují. Rizikové jsou hlavně rostliny určitých botanických rodů či druhů, určené k dalšímu pěstování, tedy rozmnožovací materiál (osivo a sadba), mladé rostlinky k dopěstování a hotové rostliny v květináčích, kontejnerech nebo dodávané s balem. Při uvádění těchto rizikových rostlin a rostlinných výrobků do oběhu je však nutno zpětně vysledovat jejich původ, tj. dopátrat se jejich pěstitele, dovozce nebo výrobce, aby příslušná rostlinolékařská služba co nejdříve odhalila případné zdroje výskytu škůdců a původců chorob rostlin a včas přijala opatření k zabránění jejich dalšího šíření. Hlavním prostředkem pro dohledání původu rostlin uváděných na vnitřní trh ES jsou tzv. rostlinolékařské pasy. Základním údajem na pasu je tzv. registrační číslo dovozce, pěstitele nebo výrobce, který danou partii rostlin uvedl na trh.